30.12.2022 | Leave a comment Содержание перевод, произношение, транскрипция, примеры использованиясуществительноеМои примерыСловосочетанияПримерыПримеры, ожидающие переводаВозможные однокоренные словаперевод на русский, синонимы, антонимы, произношение, примеры предложений, транскрипция, определение,значение, словосочетания эукариотических транскрипций 50 лет спустя – что мы узнали? Как раньше изучали экспрессию генов? Три различных фермента РНК-полимеразы млекопитающих Открытие РНК-полимераз Последовательности и структуры РНК-полимераз Роль транскрипционных факторов и других транскрипционных кофакторов в экспрессии генов Общие факторы транскрипции *содержат ТАТА-связывающий белок Другие кофакторы транскрипции Эпигенетическая регуляция инициации транскрипции Посттрансляционные модификации (ПТМ) РНК-полимеразы II Будущие исследования РНК-полимераз и эукариотической транскрипции Уроки пяти лет проектов транскрипции языков коренных народов Видео презентации Содержание презентации и слайды перевод, произношение, транскрипция, примеры использования year амер. |jiə(r)z|брит. |jiə(r)z| Тег audio не поддерживается вашим браузером. — используется как мн.ч. для существительного year Russian English возрастсуществительное- год- (years) возраст, годы- длительный период времени- (years) разг. много лет- фин., амер., разг. однодолларовая банкнота, банкнота в 1 доллар- разг. банкнота достоинством в 1 долларМои примерыСловосочетания a prettyyounglassie of 16 years — хорошенькая шестнадцатилетняя девушка in the closing years of his life — в последние годы жизни a warrantygood for two years — гарантия на два года the best years of my life — лучшие годы моей жизни a greatmany years — много лет down the years — сквозь года four years in duresse — четыре года в заключении to enlist for three years — завербовать на три года for the past few years — за последние несколько лет to wait for years — ждать годами to get along in years — стареть in after years — в будущем Примеры That was years and years ago. Это было много-много лет назад. I arrived here two years ago. Я прибыл сюда два года назад. It’s years since we last met. Мы не виделись целую вечность. She’s two years older than me. Она на два года старше меня. The years rolled by. Годы шли. Jodi is 15 years old. Джоди 15 лет. The years flow away. Годы уплывают. Those were grey years. Это была однообразная череда лет. Men above 50 years old Мужчины старше 50 лет I have two years left. У меня осталось два года. We met some years ago. Мы встретились /познакомились/ несколько лет назад. He accomplished 50 years. Ему исполнилось 50 лет. How fast the years run by! Как быстро летят годы! He returned after 20 years. Он вернулся спустя двадцать лет. The play ran for two years. Этот спектакль шёл в течение двух лет. He is twenty-two years old. Ему двадцать два года. She quit smoking years ago. Она бросила курить много лет назад. We’ve been pally for years. Мы дружим на протяжении многих лет. / Мы приятельствуем уже долгие годы. About two years previously. Приблизительно на два года раньше. She is five years my senior. Она старше меня на пять лет. Peter and I go back 25 years. Питер и я знакомы 25 лет. I kept his letters for years. Я хранил его письма в течение многих лет. The band split two years ago. Группа распалась два года назад. He looks young for his years. Он молодо выглядит для своих лет. I haven’t seen him for years. Я не видел его целую вечность. He quit smoking six years ago. Он бросил курить шесть лет назад. «If you don’t mind me asking, how old are you?» «I’m 35 years old. Why do you ask?» «Если вы не возражаете, я спрошу, сколько вам лет?» «Мне 35 лет. А почему вы спрашиваете?» 3.5 billion years ago три с половиной миллиарда лет назад Gelding, 6 years, evented. Мерин, 6 лет, выступал на скачках. She is two years my junior. Она на два года младше меня. ещё 23 примера свернутьПримеры, ожидающие перевода He went down for five years. The car debuted 30 years ago. He spent over 30 years at sea. Для того чтобы добавить вариант перевода, кликните по иконке ☰, напротив примера.Возможные однокоренные словаyear — год, годы, возрастyearly — ежегодный, годовой, длящийся год, каждый год, раз в годДополнение / ошибка Добавить примерВ других словарях: Мультитран Webster FreeDictionary Longman Forvo перевод на русский, синонимы, антонимы, произношение, примеры предложений, транскрипция, определение,значение, словосочетания Half a year ago, she passed away from heart disease at the age of 22. Полгода назад она скончалась от порока сердца в возрасте 22 лет. A venture that could help to reduce the billions of pounds of single-use plastic packaging dumped each year and polluting our land, our rivers and our oceans, and left for future generations to resolve — our grandchildren, my grandchildren. Это дело, которое уменьшит ежегодные миллиарды тонн одноразовой пластиковой упаковки, загрязняющие наши земли, реки и океаны, — проблемное наследие, решение которого мы оставляем нашим правнукам, моим правнукам. That was the day I got a phone call from my mom telling me that my 22-year-old nephew, Paul, had ended his life, after years of battling depression and anxiety. В тот день мне позвонила мама, сказав, что мой 22 — летний племянник Пол после нескольких лет борьбы с депрессией покончил жизнь самоубийством. A year later, in 1916, Einstein derived from his theory that gravitational waves existed, and that these waves were produced when masses move, like, for example, when two stars revolve around one another and create folds in space-time which carry energy from the system, and the stars move toward each other. Годом позже, в 1916 году, Эйнштейн на основе своей теории пришёл к выводу о существовании гравитационных волн. But it was true, and to clear up any doubt that the detectors really could measure these things, in December of that same year, we measured another gravitational wave, smaller than the first one. Но всё подтвердилось, и чтобы развеять остатки сомнений, что детекторы действительно могут измерить волны, в декабре того же года мы измерили ещё одну гравитационную волну, меньшую, чем первая. In one study, children who were growing up in poverty were almost a year behind the richer children on educational tests, and that was by the age of just three. В одном исследовании дети, растущие в бедности, отставали почти на год от более обеспеченных детей по учебным тестам — и это всего в три года. 11,000 dollars per employee per year. 11 000 долларов на сотрудника в год. That is the equivalent of 10 million cars off the streets for a whole year. Это объём, который за год не выпустят в воздух 10 миллионов переставших ездить машин. According to a study made by comScore, online shoppers in the US last year did more than half of their retail purchases online, and the global market for e-commerce is estimated to be at two trillion dollars. Согласно исследованию компании comScore, за прошлый год в США через интернет было куплено более половины товаров, проданных в розницу, а мировой рынок электронной торговли оценивается в два триллиона долларов. To give you an idea of how dry it is, consider here in Vancouver it rains over 1,000 millimeters of rain every year. Чтобы понять, насколько там сухо, представьте себе, что в Ванкувере ежегодно выпадает более 1 000 мм осадков. And what really struck me was this: the suicide rate has been rising around the world, and it recently reached a 30-year high in America. Данные утверждали: гонка за счастьем может сделать людей несчастными. So one example would be creating a satirical video which makes fun of Islamophobia, and targeting it to 15- to 20-year-olds online that have an interest in white power music and live specifically in Manchester. Одним из примеров могло бы быть сатирическое видео, высмеивающее исламофобию, с расчётом на 15–20 — леток в сети, которые слушают скинхэдовский панк, и особенно тех, кто живёт в Манчестере. Then in February of last year, a video was released, and it instantly went viral. Затем в феврале прошлого года было выпущено видео, которое мгновенно стало вирусным. Last year, we finally succeeded in developing a system which solved pre-university-level problems from end to end, like this one. В прошлом году мы наконец смогли успешно разработать систему, которая решала задачи доуниверситетского уровня, как вот эта. The Department of Transport estimated that last year 35,000 people died from traffic crashes in the US alone. Министерство транспорта подсчитало, что в прошлом году 35 000 человек погибло в автомобильных авариях в США. Worldwide, 1,2 million people die every year in traffic accidents. В мире 1,2 миллиона человек погибает в авариях ежегодно. Now picture yourself in a driverless car in the year 2030, sitting back and watching this vintage TEDxCambridge video. Представьте, что вы в беспилотной машине в 2030 году — смотрите этот винтажный ролик TEDxCambridge. Combined with Albuquerque Heading Home, the Better Way program, Albuquerque has reduced unsheltered homelessness in our city by 80 percent last year. Совместно с программой «Альбукерке — направляемся домой» и «Лучший путь», численность бездомных в Альбукерке сократилась на 80% в прошлом году. Over the course of the first year, we found about 13 wrongful convictions. В течение первого года мы обнаружили 13 случаев неправомерного осуждения. It was on the two-year anniversary of his release. Это была двухлетняя годовщина его освобождения. So back in November 2016, during the election last year, the only image that we could publish was this, which was on the stand on the week that everybody voted. Возвращаясь к ноябрю 2016 года, во время прошлогодних выборов единственная обложка, которую мы могли опубликовать, была такой: она передавала атмосферу той недели, когда шло голосование. I never heard another scientist tell that kind of story until last year. Я никогда не слышала, чтобы учёные говорили об этом. The Northern Great Barrier Reef lost two-thirds of its corals last year over a distance of hundreds of miles, then bleached again this year, and the bleaching stretched further south. Северный Великий Барьерный Риф потерял в прошлом году две трети своих кораллов на протяжении сотен миль, а в этом году снова обесцветился, и обесцвечивание распространилось ещё дальше к югу. And by protecting shorelines and giving us food to eat and supporting tourism, they will still be worth billions and billions of dollars a year. Защищая береговые линии, давая нам пищу и радуя туристов, они всегда останутся достойными миллиардов долларов в год. However, about a year or so later, a report emerged of an olfactory receptor expressed in a tissue other than the nose. Однако примерно через год или даже позже всплыл доклад о нахождении обонятельного рецептора на другой ткани, а не в носу. From our homes, we look down into the courtyard, and depending on the time of year, we see this: kids and grownups in various combinations playing and hanging out with each other. Из своих окон мы смотрим во двор, и в зависимости от времени года, вот что мы видим: разные группы детей и взрослых играют и общаются друг с другом. If you’ve been thinking about US politics and trying to make sense of it for the last year or so, you might have hit on something like the following three propositions. Если вы когда — либо думали о политике США или пытались найти в ней смысл за прошедший год или около того, вы могли наткнуться на что — то вроде трёх следующих утверждений. Just over a year ago, for the third time in my life, I ceased to exist. Чуть больше года назад третий раз в жизни я перестал существовать. That was the year that Apple introduced the first iPhone. В этот год фирма Apple представила свой первый iPhone. I live in New York, a lot of my family lives in Australia, and I have a one-year-old son. Я живу в Нью Йорке, а многие мои родственники — в Австралии, у меня есть годовалый сынишка. Once upon a time, a very long time ago, I was a 20-year-old undergraduate studying philosophy. Когда — то давным — давно я был двадцатилетним студентом и изучал философию. Because at least once a year, on the festival of Passover, we told our story and we taught it to our children and we ate the unleavened bread of affliction and tasted the bitter herbs of slavery. Потому что хотя бы раз в год, во время праздника Песах, мы рассказывали свою историю, передавали её своим детям, ели мацу — свой скудный хлеб и вкушали горечь трав неволи. This year alone, with the support of our community, we are planning to ship a million microscopes to kids around the world. Только в этом году с поддержкой нашего сообщества мы планируем разослать миллион микроскопов детям по всему миру. And so one day we were hanging out in her living room, talking about 13-year-old things, and Jenny’s little sister Rosie was in the room with us. И вот однажды мы сидели у неё дома, в гостиной, и болтали о том, о чём обычно болтают 13 — летние девочки, с нами была Рози, младшая сестра Дженни. In September of this year, a federal court ruled it lawful for a company to discriminate against hiring an employee based on if she or he wears dreadlocks. В сентябре этого года Федеральный Суд признал законным право компании отказать кандидату в должности, если он или она носит дреды. Last year, every minute, 24 more people were displaced from their homes by conflict, violence and persecution: another chemical weapon attack in Syria, the Taliban on the rampage in Afghanistan, girls driven from their school in northeast Nigeria by Boko Haram. Каждую минуту прошлого года 24 человека вынуждены были покидать свои дома, гонимые конфликтами, жестокостью, преследованием: очередная химическая атака в Сирии, неистовство Талибан в Афганистане, девочки, похищенные из школ в Нигерии группировкой Боко Харам. It shows the lifeless body of five-year-old Alan Kurdi, a Syrian refugee who died in the Mediterranean in 2015. Бездыханное тело пятилетнего Алана Курди, сирийского беженца, погибшего в Средиземном море в 2015 году. The next year, 2016, 5,000 people died. В следующем 2016 году погибли 5 000 человек. He’d done 11 years of schooling, he wanted a 12th year. Он закончил одиннадцать классов, остался последний год. Here are the facts: 65 million people displaced from their homes by violence and persecution last year. Правда такова: 65 млн. людей покинули свои дома в результате жестокости и гонений. In one year, 500,000 refugees went across the island. Ежегодно через этот остров проходят около 500 000 беженцев. Earlier this year, the government of the United Arab Emirates invited us to help them shape their country’s energy strategy all the way up to 2050. В начале года нас пригласил Высший совет ОАЭ, чтобы помочь сформулировать стратегию развития энергетики страны до 2050 года. And then one day, something that I’ll never forget, my father picked me up after my sophomore year in college, and he was driving me home, and he said, Jim, what are your aspirations? И в один день, который я никогда не забуду, отец забрал меня по окончании второго года обучения в колледже и повёз домой на машине, и он спросил: «Джим, к чему ты стремишься? This is me with a classroom of 11-year-olds. Смотрите, вот я в классе с 11 — летними ребятами. I ended up extending that trip for a year and a half around the world, and that became the basis for my first book, that leads me here today. В итоге я на 1,5 года продлил своё путешествие по миру, и оно легло в основу моей первой книги, и поэтому я сегодня здесь. My seven-year-old grandson sleeps just down the hall from me, and he wakes up a lot of mornings and he says, You know, this could be the best day ever. Мой семилетний внук обычно спит в соседней комнате, он часто просыпается по утрам и говорит: «Знаешь, это может быть самый лучший день». How was it possible that a two and a half year old didn’t respond to his own name, yet in the middle of the rain and fog, where I couldn’t see anything, he knew the exact route? Как это возможно, что ребёнок двух с половиной лет, не реагировавший на собственное имя, вдруг посреди дождя и тумана, в котором я ничего не могла увидеть, смог безошибочно распознать дорогу? So that’s how it went for a year: Ivan would go to Jose’s greengrocer, help him arrange the shelves of water bottles with the labels perfectly lined up on the same side. И вот так в течение года Иван ходил в лавку Хосе, помогал приводить в порядок полки с бутылками воды, идеально выравнивая этикетки по одной стороне. Those 2,000-year-old carvings make it clear that this was a place of high ritual significance. Судя по этой 2000 — летней резьбе, это было важное ритуальное место. Imagine you have a two-year-old who wakes up one morning with a fever, and you realize she could have malaria, and you know the only way to get her the medicine she needs would be to take her to the riverbed, get in a canoe, paddle to the other side and then walk for up to two days through the forest just to reach the nearest clinic. Представьте, что ваш двухлетний ребёнок однажды утром просыпается с жаром, вы понимаете, что он заболел малярией, и вы знаете, что единственных способ получить медицинскую помощь — это доставить ребёнка к руслу реки, усадить в каноэ, догрести до другого берега, а затем идти два дня через лес, просто чтобы добраться до ближайшей клиники. Well, in 2007, I was trying to answer these questions, and my wife and I were getting married that year. В 2007 году я пытался ответить на эти вопросы, и в этом же году мы с моей женой сыграли свадьбу. Let us know if you or your organization or someone you know could help us as we try to build this academy over the next year. Дайте нам знать, если вы, ваша организация или ваш знакомый может нам помочь, поскольку мы будем запускать эту академию в течение следующего года. She lived in an isolated community in the forest that had gone for 100 years without any health care until last year when a nurse trained her neighbors to become community health workers. Она жила в изолированной лесной общине, которая сотни лет обходилась без медицинской помощи, пока в прошлом году медсестра не обучила членов общины, дав им статус медработников. So last year I was visiting A.B., and like Musu, A.B. had had a chance to go to school. Так, в прошлом году я познакомился с А. Б., как и у Мусу, у А.Б. был шанс посещать в школу. Last year, we hired and trained A.B. as a community health worker. В прошлом году мы наняли и обучили А.Б. Earlier that year, I played what is called simultaneous exhibition against 32 of the world’s best chess-playing machines in Hamburg, Germany. В начале того же года я проводил так называемый сеанс одновременной игры против 32 лучших в мире шахматных вычислительных машин в Гамбурге, в Германии. In Philadelphia, before losing the rematch the following year in New York. Это было в Филадельфии, до проигрыша на следующий год в Нью — Йорке. They were placed in seawater at a pH we’re expecting by the year 2100. Мы поместили их в морскую воду с кислотностью, ожидаемой к 2100 году. Last year we did a dance in zero gravity, and once we set up an obstacle course out of thousands of musical instruments in the desert, and then played them by stunt driving a car through them. В прошлом году мы станцевали в состоянии невесомости, а однажды мы создали полосу препятствий из тысяч музыкальных инструментов в пустыне, а затем сыграли на них, проехавшись мимо них на машине. It was actually doctors in northeastern Brazil who first noticed, just a year ago, after a Zika outbreak, that there was a peak in the incidence of microcephaly. Врачи из северо — восточной Бразилии первыми заметили, всего год назад, после вспышки Зики, увеличение случаев микроцефалии. эукариотических транскрипций 50 лет спустя – что мы узнали? << Вернуться на главную страницу блога MOTIFvations впервые предложено в 1957 году. В конце 1950-х годов ученые были вооружены знаниями о трех основных биологических молекулах (ДНК, РНК и белки), но именно Фрэнсис Крик предвидел направленный поток информации между ними. Следуя гипотезе Крика, первая ДНК-направленная активность РНК-полимеразы была обнаружена как в E. coli , так и в ядрах печени крысы в 1960 г. Год спустя, в 1961 г., мРНК была идентифицирована как промежуточное звено между ДНК и белками, а тРНК была выделена как адапторная молекула, связывающая мРНК с белками. Молекула рРНК была классифицирована вскоре после этого, в 1962 году. Было ясно, что эти одноцепочечные РНК-транскрипты играют важную роль в передаче информации, содержащейся в генетическом коде, но до сих пор неясно, как они образовались. Этим усилиям помешала невозможность изучения образования специфических РНК. В своем недавно опубликованном историческом обзоре открытия ферментов РНК-полимеразы Роберт Родер вспоминает о своем желании «[дойти] до сути дела — РНК-полимеразы». Соответственно, работа Редера привела к знаменательному открытию в 1969 году трех хроматографически различных РНК-полимераз млекопитающих и последующим новаторским исследованиям их уникальных структур и функций. Эти основополагающие открытия более подробно обсуждаются ниже, а также современные модели трех РНК-полимераз млекопитающих и то, как они работают совместно для производства трех основных классов РНК. Как раньше изучали экспрессию генов? Выяснение регуляции оперона lac в E. coli Франсуа Жакобом и Жаком Моно в 1961 году можно считать первым событием в области регуляции генов. Эти открытия были сделаны задолго до появления клонирования, ПЦР и секвенирования по почте, поэтому эти пионеры регуляции генов полагались на анализы комплементации, чтобы выяснить механизм, с помощью которого родственные гены координируют свою экспрессию с другими регуляторными элементами и реагируют на внешние факторы окружающей среды. Работа в E. coli и других прокариотических системах доминировала в ранних исследованиях экспрессии генов. Прокариоты обладали многими преимуществами для экспериментального дизайна, включая простоту (меньшие геномы и отсутствие ядра), высокую скорость репликации и, конечно же, низкую стоимость. Хотя активность РНК-полимеразы была обнаружена одновременно у прокариот (в E. coli ) и эукариот (в ядрах печени крыс), большая часть ранних работ, демонстрирующих ДНК-зависимость РНК-полимеразы, была сделана в Кишечная палочка. Что касается эукариотической стороны исследований, работа была сосредоточена на простых эукариотических почкующихся дрожжах S. cerevisiae по многим из тех же причин, по которым многие ученые работали с прокариотами. В частности, для исследований, связанных с генами, были популярны клетки печени крысы и/или эмбрионы морского ежа, поскольку ранее были разработаны методы извлечения и выделения ядер из этих типов клеток. Три различных фермента РНК-полимеразы млекопитающих За 50 лет, прошедших с момента открытия трех РНК-полимераз млекопитающих, мы по достоинству оценили их разнообразные функции, специфические генные мишени и уникальные продукты транскрипции. Сегодня РНК-полимераза II (Pol II), возможно, является наиболее известной из этой группы. Состоящая из 12 субъединиц, она отвечает за производство матричной РНК (мРНК), которая, в свою очередь, транслируется в полипептид — полимеразу «центральной догмы». РНК-полимераза I (Pol I) состоит из 14 субъединиц и предназначена исключительно для производства рРНК, необходимой для большой субъединицы рибосомы, которая вместе с малой субъединицей рибосомы и различными рибосомными белками образует рибосому. 17-субъединичная РНК-полимераза III (Pol III) наиболее разнообразна по своим продуктам транскрипции, которые включают тРНК, малые рибосомальные субъединицы рРНК и другие малые РНК, такие как сплайсосомные РНК, мяРНК и микроРНК. Открытие РНК-полимераз Опубликованная в 1964 г. статья о дифференциальной ферментативной активности РНК-полимеразы при различных концентрациях солей и ионов дала ключ к тому, что могут существовать разные ферменты/полимеразы, ответственные за продукцию разных РНК, но первоначальное открытие Одна из трех различных РНК-полимераз млекопитающих была получена Робертом Редером в лаборатории Уильяма Раттера в 1969 году. очищение. Используя препараты ферментов из эмбрионов морских ежей и ядер печени крыс, Родер смог идентифицировать три различных фермента, элюируемых во время ионообменной хроматографии. Редер провел дальнейшие эксперименты по измерению удельной активности во фракциях клеток ядра и ядрышка, подтвердив, что Pol I находится в ядрышке, а Pol II и Pol III обнаружены в нуклеоплазме. Следующим логическим шагом было определение функций отдельных полимераз. Удобно, что каждая из РНК-полимераз по-разному чувствительна к токсину альфа-аманитина: Pol I не изменяется, Pol II ингибируется при низких концентрациях, а Pol III ингибируется при высоких концентрациях. Эта ключевая информация позволила нескольким группам проанализировать продукты транскрипции РНК-полимеразы, в конечном итоге установив, что Pol I отвечает за синтез рРНК 45S, Pol II за продукцию мРНК, а Pol III отвечает за транскрипцию тРНК и малая субъединица рибосомы рРНК. Отмечая сильную эволюционную консервативность между прокариотическими и эукариотическими полимеразами, а также среди РНК-полимераз млекопитающих, предполагается, что дублированные копии прокариотической РНК-полимеразы эволюционировали для более эффективной транскрипции определенных типов РНК. Последовательности и структуры РНК-полимераз Аминокислотные последовательности РНК-полимераз не были идентифицированы до эпохи клонирования и секвенирования генома в 1990-х годах. Это немалый подвиг, учитывая количество субъединиц для каждой полимеразы: 14, 12 и 17 субъединиц для Pol I, II и III соответственно. В годы, последовавшие за клонированием и секвенированием гена, кодирующего ферменты РНК-полимеразы, исследователи начали обращаться к структурным исследованиям, чтобы попытаться решить свои трехмерные структуры. Роджер Корнберг и его коллеги получили кристаллическую структуру Pol II с высоким разрешением, которую они опубликовали в 2001 году, а вскоре последовали структуры Pol I и Pol III, что еще больше выявило консервативные структуры, понимание структуры и принесло Корнбергу Нобелевскую премию по химии 2006 года. . Роль транскрипционных факторов и других транскрипционных кофакторов в экспрессии генов Уникальная прокариотическая РНК-полимераза с ее единственным транскрипционным фактором резко контрастирует со сложностью эукариотических РНК-полимераз. Было быстро установлено, что изолированной РНК-полимеразы и целевого гена недостаточно для инициации транскрипции. Но возьмите те же два компонента и поместите их в клеточный экстракт, не содержащий РНК-полимеразы, и начнется транскрипция. Таким образом, следующим логическим шагом было установить, какие компоненты необходимы для инициации транскрипции, и определить, различаются ли эти требования у трех полимераз. Общие факторы транскрипции Для всех РНК-полимераз сборка преинициаторного комплекса (PIC) необходима для успешной транскрипции. РНК-полимеразы I, II и III имеют разные пути, связанные со сборкой PIC, но имеют много общих компонентов и перекрывающихся механизмов. Минимальным требованием для образования PIC и инициации транскрипции является РНК-полимераза плюс несколько общих факторов транскрипции (GTF). Биохимическая беготня выявила различные пары полимераза/фактор транскрипции, которые перечислены в таблице ниже: Фермент Продукт транскрипции Минимальные требуемые начальные факторы РНК Pol I (14 единиц) рРНК 45S SL1*/TIF1B/основной коэффициент ТИФ1А/РРН3 УБФ/УАФ РНК Пол II (12 единиц) мРНК мяРНК миРНК ТФИИА ТФИИБ ТФИИД* ТФИИЕ ТФИФ TFIIH РНК Pol III (17 субъединиц) тРНК рРНК 5S малые РНК TFIIIC TFIIIB * *содержат ТАТА-связывающий белок Для каждой полимеразы одна из GTF связывает ТАТА-бокс, ограничивая место начала транскрипции указанным промотором. Затем рекрутируются дополнительные факторы транскрипции, которые часто обладают вторичной ферментативной активностью, такой как хеликазы, киназы или АТФазы. Кроме того, сама РНК-полимераза привлекается к растущему PIC с помощью GTF. Для РНК-полимеразы II был идентифицирован дополнительный необходимый фактор: комплекс Медиатор. Медиаторный комплекс человека состоит из 30 субъединиц, охватывающих точки контакта с транскрипционными факторами в PIC и Poll II. В самом упрощенном виде комплекс Mediator действует как «мостик» между факторами транскрипции и Pol II и стабилизирует образование PIC. Таким образом, он передает сигналы от факторов транскрипции на полимеразный механизм для регуляции транскрипционной активности. Совсем недавно было показано, что комплекс Mediator участвует в эпигенетической регуляции, ремоделировании хроматина и образовании суперэнхансеров, что делает его решающим регуляторным фактором для РНК-полимеразы II. Другие кофакторы транскрипции Хотя общие факторы транскрипции и ферменты РНК-полимеразы составляют минимальное количество компонентов инициации транскрипции, эти факторы сами по себе обычно приводят к низкой базовой транскрипционной активности. В активном комплексе РНК-полимеразы может быть до 100 белков, функционирующих для стабилизации, стимулирования и регулирования транскрипции. Общие активаторы могут связываться с энхансерными областями и взаимодействовать с механизмом РНК-полимеразы и повышать его сродство к промоторной области, в то время как репрессоры связываются с сайленсерными областями, чтобы блокировать транскрипцию. Коактиваторы, с другой стороны, не взаимодействуют напрямую с геном-мишенью, а вместо этого регулируют транскрипцию посредством взаимодействия с транскрипционными факторами или посредством ремоделирования хроматина. Поскольку специфичные для клетки гены могут быть транскрибированы с помощью общего механизма РНК-полимеразы II, клетки должны иметь регуляторные механизмы для предотвращения случайной и непрерывной транскрипции всех клеточных генов. Многие регуляторные элементы связаны с клеточно- или ген-специфичными активаторами или репрессорами, такими как TFIIIA, первый описанный ген-специфический активатор, и коактиватор ОСА-В, который регулирует транскрипцию гена, специфичного для В-клеток. Эпигенетическая регуляция инициации транскрипции Другой уровень регуляции существует в самих генах-мишенях в форме эпигенетических модификаций и доступности хроматина. Коактиваторы транскрипции могут действовать как ремоделеры хроматина, обычно за счет активности гистон-ацетилтрансферазы (HAT), которая работает за счет снижения сродства ДНК к гистонам, ослабления структуры хроматина и обеспечения связывания транскрипционного механизма. Хорошо охарактеризованным примером является коактиватор p300, который функционирует как HAT и дополнительно связывает другие факторы транскрипции, чтобы задействовать механизм РНК-полимеразы. Было показано, что p300 взаимодействует с более чем 50 другими белками, позволяя регулировать транскрипцию в критических клеточных процессах, таких как пролиферация, дифференцировка и апоптоз. Посттрансляционные модификации (ПТМ) РНК-полимеразы II Хотя кажется, что 6 факторов инициации, 26-субъединичный медиаторный комплекс и многие другие активаторы, репрессоры и ремоделеры хроматина были бы достаточными для регуляции, существует несколько посттрансляционных модификаций (PTM) самого фермента Pol II, которые дополнительно контролируют транскрипцию. Самая большая субъединица Pol II имеет карбоксиконцевой домен (CTD), состоящий из 52 повторов следующей консенсусной последовательности: Y 1 S 2 P 3 T 4 S 5 P 6 S 7 . Этот повторяющийся гептамер подвергается двум основным событиям фосфорилирования после того, как Pol II рекрутируется в PIC. Для того, чтобы Pol II ускользнул от промотора, серин 5 должен быть фосфорилирован транскрипционным фактором TFIIH/CDK7. Это, в свою очередь, рекрутирует комплекс, необходимый для 5′-кэпирования вновь синтезированных мРНК. Во-вторых, серин 2 фосфорилируется киназой P-TEFb/CDK9, что способствует стабильному удлинению зарождающейся мРНК посредством диссоциации комплекса фактора отрицательного удлинения. По мере того, как элонгация продолжается и Pol II приближается к концу гена, различные фосфатазы дефосфорилируют те же самые положения, так что Pol II может инициировать новый раунд транскрипции. Следует отметить, что не все из 52 доступных сайтов Ser5 или Ser2 фосфорилированы, и динамическое взаимодействие между этими двумя сайтами обеспечивает дополнительный уровень регуляции. Ознакомьтесь с антителами и услугами Active Motif для изучения инициации, удлинения и паузы РНК pol II. Будущие исследования РНК-полимераз и эукариотической транскрипции За последние 50 лет произошло быстрое расширение знаний о структуре и функции эукариотических РНК-полимераз, а также о других факторах, влияющих на транскрипцию. Как оказалось, регуляция эукариотических генов гораздо сложнее, чем мог первоначально заставить нас поверить скромный прокариотический оперон lac. Итак, каковы следующие большие шаги по регулированию генов? В эту эпоху эпигенетики было обнаружено, что модификации ДНК и гистонов имеют решающее значение для регуляции транскрипции. Технические достижения в области визуализации уже дали нам почти атомную крио-ЭМ структуру PIC Pol II человека, и есть надежда, что другие конформации и комплексы будут раскрыты с помощью аналогичных методов. Увеличение разрешения различных методов визуализации также подготовило почву для исследований изображений одиночных молекул, которые потребуются для понимания невероятно динамичной природы этих комплексов. Будущая работа может также улучшить наше понимание того, как трехмерная архитектура хроматина и результирующие топологически ассоциированные домены способствуют контактам энхансеров дальнего действия и регуляции генов. Совокупные усилия многих, многих ученых за последние 50 лет открыли фундаментальные клеточные особенности и процессы, которые действительно сформировали наш взгляд как на генетику, так и на клеточную биологию. Кроме того, их работа проложила путь к новым открытиям в области регуляции генов, приближая нас к всестороннему пониманию нашей собственной клеточной биологии. Нам не терпится увидеть, что будет дальше! Хотите узнать больше об эпигенетике? Ознакомьтесь с нашим архивом новостей эпигенетики. Каковы ваши любимые недавние открытия в области эпигенетики? Мы хотели бы услышать от вас! Пожалуйста, свяжитесь с нами по адресу blog@activemotif. com или в Твиттере (@activemotif), чтобы поделиться своими мыслями и отзывами! Мы также ищем научных писателей, которые могли бы внести свой вклад в MOTIFvations, поэтому, если вы являетесь признанным научным коммуникатором или просто хотите начать, свяжитесь с нами — возможно, мы найдем историю, над которой мы могли бы сотрудничать! << Вернуться на главную страницу блога MOTIFvations Уроки пяти лет проектов транскрипции языков коренных народов В прошлом месяце Бен и Сара Брумфилд выступили на семинаре «Сохранение разнообразия знаний в многоязычном и мультикультурном контексте»: «Проблемы и вызовы информатики» — организовано Амелем Фрейссом из Университета Лилля во Франции. Видео презентации и слайды представлены ниже. (Retrouvez la version de cet article de blog en français ici.) Видео презентации Содержание презентации и слайды Короче говоря, наша платформа позволяет людям видеть изображение страницы и расшифровывать текст с этой страницы. Мы стараемся сделать все как можно проще для пользователей, потому что, честно говоря, расшифровка текста достаточно сложна. Это также программное обеспечение с открытым исходным кодом, которым управляют учреждения по всему миру. Начнем с предупреждения: хотя в этой презентации мы хотели бы сосредоточиться на многоязычных и мультикультурных проектах, большинство пользователей, которых мы видим на FromThePage.com, происходят из англоязычных стран: США, Великобритании. и Австралии. Некоторые независимые установки программного обеспечения в основном не на английском языке, но мы больше всего знакомы с проектами, размещенными на нашем собственном программном обеспечении или на программном обеспечении наших коллег из Техасского университета в Остине. Многие пользователи системы UT-Austin из Латинской Америки. Сделать текст доступным для поиска. Это проект транскрипции на гэльском языке Университетского колледжа Дублина. Они «перемещают» свои транскрипции обратно в свои системы цифровых библиотек, чтобы сделать их доступными для полнотекстового поиска. Большинство проектов на FromThePage предназначены для транскрипции открытого текста в библиотечные системы как для чтения, так и для поиска. Проекты транскрипции также могут быть для распространения информации. Это проект Музея джаза Нового Орлеана для расшифровки их колониальных документов. Они привлекли носителей французского языка и изучающих французский язык из района Нового Орлеана для расшифровки документов, подобных этому контракту. Еще одна причина для расшифровки — обучение. В этом примере используется транскрипция для обучения студентов испанской палеографии и тому, как работать с первоисточниками из Испанской Америки 16-го и 17-го веков. Вы можете транскрибировать для создания обучающих данных для алгоритмов искусственного интеллекта. Этот средневековый французский текст был расшифрован в рамках конкурса Image du Monde. Полученный текст был преобразован в открытый текст с использованием расширений шрифтов Medieval Unicode, а затем использован для создания модели Transkribus для средневекового французского языка. Современным ученым могут понадобиться неопубликованные исследования более ранних ученых, такие как эти лингвистические опросы носителей мезоамериканского языка Mixtec. Расшифровывая ответы, такие лингвисты, как Райан Салливант, могут анализировать язык Mixtec, на котором говорили 40 лет назад. Результаты кодируются в виде наборов данных и сохраняются в репозитории AILLA. Исторические географические справочники также могут служить источниками наборов данных ГИС. Требовалось дополнительное кодирование для исправления OCR и представления административной иерархии. Но результатом стал этот впечатляющий справочник Pelagios LatAm Gazetteer. Одной из важных причин использования транслитерации является то, что реформа правописания может сделать культурное наследие недоступным для общественности. Эти народные сказки написаны на малайском языке с использованием письма джави, основанного на арабском языке. Транслитерация их в латинский алфавит, используемый сегодня, делает их понятными для современных носителей малайского языка. Иногда перевод необходим для публичного доступа. Этот дневник времен Второй мировой войны хранится в архивах Мемориального музея Холокоста США. В нем записана попытка немецкой еврейской семьи бежать из оккупированной Франции. Однако для того, чтобы его могли прочитать американские зрители, его необходимо перевести на английский язык. В других случаях перевод необходим исследователям разных дисциплин для совместной работы. Кодекс Обина богато иллюстрирован и представляет интерес для искусствоведов, изучающих кодексы ацтеков. Однако немногие искусствоведы понимают классический науатль, язык текста. Перевод, выполненный лингвистами, позволяет искусствоведам и лингвистам совместно работать над кодексами. Точно так же медиевисты, изучающие юридические тексты, могут не владеть старофранцузским языком, необходимым для работы с оригинальными текстами. В результате они требуют перевода для многих историков права. Зная мотивы транскрипции и перевода, с какими проблемами мы столкнулись за последние пять лет? Как язык влияет на общение с участниками? Волонтерам часто требуется «разрешение», чтобы внести свой вклад. И язык интерфейса, и язык общения вокруг проекта могут дать им на это разрешение или отговорить. В примере с опросом Mixtec один доброволец оставил несколько коротких комментариев на английском языке. Когда их пригласили общаться на испанском языке, их вклад увеличился в несколько раз. Как язык интерфейса программы влияет на расшифровку? Даже если тексты могут быть транскрибированы с любого языка, важен сам язык программного обеспечения. Благодаря гранту Национального фонда гуманитарных наук мы работали с нашими партнерами из библиотек Техасского университета над переводом FromThePage на испанский и португальский языки. Это позволяет транскрибировать не только тексты на испанском и португальском языках, но и тексты на языках коренных народов, такие как эти колониальные документы, написанные на языке науатль. Мы считаем, что удовлетворение ожиданий пользователей в Латинской Америке поможет связать их с текстами, которые являются частью их истории. Язык интерфейса еще более важен, когда… Существует множество коренных общин, работающих с колониальными записями в своих целях. Многие из этих документов не вызвали сочувствия к общинам. Многие общины коренных народов хотят работать с текстами в своих целях, без вмешательства посторонних. Племя сиу из Стэндинг-Рок расшифровывает первоисточники на языке дакшта/лакшта, чтобы создать материал для возрождения языка. Проект частный; люди за пределами сообщества могут даже не просматривать его. Это проект Британской библиотеки, в рамках которого добровольцев просят расшифровать арабские научные рукописи из их коллекции. Вы видите расшифровку арабского текста справа — и теперь начните с номеров строк — все выравнивание неверно! Нам пришлось добавить довольно много функций для поддержки потребностей в выравнивании языков с написанием справа налево — чтение языка документа и установка направления текста соответственно — хотя теоретически вы «могли бы» транскрибировать Арабский текст. (И в другом проекте мы также обнаружили, что некоторые библиотеки с открытым исходным кодом, которые мы использовали, не знали, что урду пишется справа налево.) Хуже того, знания языка текста недостаточно для определения направления текста! Современные японские и китайские тексты пишутся слева направо, а старые документы — сверху вниз. Этот экран является всего лишь доказательством концепции, созданной Киёнори Нагасаки, чтобы продемонстрировать необходимость функциональности, кодирующей направление текста. Еще одна проблема, которую мы обнаружили, заключалась в том, что наше программное обеспечение базы данных поддерживало Unicode, но эта поддержка была неполной. Впервые мы столкнулись с проблемой, когда пользователь попытался расшифровать греческое слово в тексте, и программа выдала ошибку. В ходе расследования выяснилось, что пользователь использовал не стандартные греческие буквы, а скопировал буквы со специальной клавиатуры, которая использовалась для математических символов. Эти символы представлены в дополнительной многоязычной плоскости Unicode, которая содержит символы больше 65525 точек. По умолчанию многие популярные базы данных поддерживают только символы Unicode, которые могут храниться в трех байтах. Это требует переноса данных для поддержки символов выше базовой многоязычной плоскости. Не думайте, что эта проблема ограничивается непонятными языками! Оба эти текста на английском языке и содержат символы в дополнительной многоязычной плоскости. (Алхимические символы в рецепте слева; гимн мормонов, написанный письмом Дезерет, справа.) Если вашей целью является перевод, вам нужно расшифровать? Многие носители урду на западе никогда не использовали клавиатуру урду.